Les qualifications pour la CAN 2013 ne se feront plus par une phase de Poules, mais en match aller-retour à élimination directe. L'Algérie affrontera la Gambie, le Togo le Kenya et le Cameroun sera opposé à la Guinée Bissau. Le tirage au sort complet.
Pour la CAN 2013, afin d'accélérer le déroulement des éliminatoires, la phase de poule est supprimée et les matchs se dérouleront en aller-retour éliminatoire. La première phase verra se rencontrer les équipes éliminées de la CAN 2012, les 16 qualifiés de la CAN 2012 arrivant pour la seconde phase aller-retour.
Tour préliminaire:
Seychelles-Swaziland
Sao Tome/Principe – Lesotho
Premier tour:
Ethiopie – Bénin
Rwanda – Nigeria
Congo – Ouganda
Burundi – Zimbabwe
Algérie – Gambie
Kenya – Togo
Sao Tome/Principe ou Lesotho – Sierra Leone
Guinée Bissau – Cameroun
Tchad – Malawi
Seychelles ou Swaziland – RD Congo
Tanzanie – Mozambique
Centrafrique – Egypte
Madagascar – Cap Vert
Liberia – Namibie